বিশ্বের বিভিন্ন ভাষায় বিভিন্ন বিষয়ে রচিত হাজার হাজার ধর্মীয় গ্রন্থ, বিভিন্ন সংকলন ও পাণ্ডুলিপির সুবিশাল ভাণ্ডার আল-জামিয়ার কেন্দ্রীয় গ্রন্থাগার। এই লাইব্রেরী থেকে ছাত্র-শিক্ষকদের জন্য পাঠ্যবই, সহায়কগ্রন্থ ও রেফারেন্সগ্রন্থ বিনামূল্যে সরবরাহ করা হয়। নির্ধারিত সময়ে যে কেউ এই লাইব্রেরীতে এসে অধ্যয়ন ও যে কোন পুস্তিকা থেকে উপকৃত হতে পারে। জামিয়ার লাইব্রেরীতে বহু দুর্লভ গ্রন্থের সমাহার রয়েছে। হাজারো রকমের কিতাব দেখে পাঠক ব্যাকুল হয়ে পড়ে। জ্ঞান অর্জনের নিরবচ্ছি্ন অবারিত সে সুযোগগুলো থেকে উপকৃত হওয়ার অদম্য আগ্রহ জাগে।
২০০০ ইংরেজী সালে ১ কোটি ৬০ লক্ষ টাকা ব্যয়ে ৪ তলা বিশিষ্ট লাইব্রেরীর বর্তমান ভবনটি নির্মিত হয়। ভবনটির ভিত্তি প্রস্তর রাখেন পবিত্র মসজিদে নববীর সম্মানিত ইমাম শায়খ হোসাইন আব্দুল আযীয আলে শায়খ। বর্তমানে এটি একটি আন্তর্জাতিক মানের লাইব্রেরী। এখানে জ্ঞানের সকল শাখার অসংখ্য কিতাবাদি, বিভিন্ন গ্রন্থ ও দুষ্প্রাপ্য পুস্তিকা রয়েছে।
শুরু থেকেই লাইব্রেরীর যিম্মাদার ছিলেন আল্লামা হোসাইন আহমদ রহ.(১৩৪৩-১৪১৬হিজরী)। অতঃপর আল্লামা সোলতান যওক নদভী (হাফি.), আল্লামা আইয়ূব সাহেব (রহ.), মাওলানা কলিমুল্লাহ সাহেব (রহ.) এবং আল্লামা রহমতুল্লাহ কাওসার নিজামী (রহ.) (১৯৪৭-২০১৯ইং) জামিয়ার কেন্দ্রীয় লাইব্রেরীর দায়িত্ব পালন করেন।
এই গ্রন্থাগারকে একটি আর্ন্তজাতিক মানের লাইব্রেরী হিসেবে গড়ে তোলার পিছনে মাওলানা রহমতুল্লাহ কাওসার নিজামী রহ.-এর ভূমিকা ছিলো অতূলনীয়। তিনি যেমনি অপ্রতুল্য ও দুষ্প্রাপ্য কিতাবাদি সংগ্রহে সচেষ্ট ছিলেন, তেমনি নিয়মনীতির ক্ষেত্রেও জামিয়ার কুতুবখানাকে একটি আদর্শ লাইব্রেরী হিসেবে প্রতিষ্ঠিত করেছেন।
তাঁর ইন্তিকালের পর বর্তমানে যিম্মাদার হিসেবে দায়িত্ব পালন করেছেন মাওলানা ইউনুছ রমজ কাসেমি (হাফি.) এবং তাঁর সহকারি হিসেবে দায়িত্বরত আছেন মাওলানা মুফিজুর রহমান ও মাওলানা আবু সাঈদ (হাফি.)।
