আল-জামিয়া পটিয়ায় প্রতি শিক্ষা বর্ষে মোট তিনটি পরীক্ষা অনুষ্ঠিত হয়।
- ১ম সাময়িক পরীক্ষা। এটি সফর মাসের ১ম সাপ্তাহে অনুষ্ঠিত হয়।
- ২য় সাময়িক পরীক্ষা। এটি জুমাদাল উলার ১ম সাপ্তাহে অনুষ্ঠিত হয়।
- এবং বার্ষিক পরীক্ষা, যা শাবান মাসের ২য় সাপ্তাহে অনুষ্ঠিত হয়।
- ‘ইত্তেহাদুল মাদারিসিল কওমিয়্যা বাংলাদেশ’ (কওমী মাদরাসা শিক্ষা বোর্ড) এর অন্তর্ভুক্ত সমস্ত কওমী মাদ্রাসার কেন্দ্রীয় পরীক্ষা বোর্ডের তত্ত্বাবধানে অনুষ্ঠিত হয়। বোর্ড কর্তৃক নিযুক্ত একজন অভিজ্ঞ পরীক্ষা নিয়ন্ত্রক কেন্দ্রীয় পরীক্ষাগুলোর ব্যবস্থা করেন। জামিয়ার সিনিয়র শিক্ষকগণ তার সার্বিক সহযোগিতা করেন।
- দাওরায়ে হাদীস সমাপনী বর্ষের ছাত্রদের জন্য ‘‘আল-হাইআতুল উলয়া লিল জামিয়াতিল কওমিয়া বাংলাদেশ’’ কর্তৃক কেন্দ্রীয় পরীক্ষায় অংশ গ্রহণ করার সুযোগ রয়েছে।
